Poročilo Warrenove komisije je kljub 888 stranem in več kot 20.000 stranem dodatkov pustilo več neodgovorjenih vprašanj, ki so od takrat naprej podžigala teoretike zarot.
Mnogi so komisiji očitali, da se ni oprla na neodvisne preiskovalce in da je njena preiskava temeljila na gradivu agencij FBI in CIA. Ti naj bi morda celo imeli razlog, da sta zamolčali določene inforomacije o Oswaldu.