Že pred 6000 leti sta na Santorin vabila njeno milo podnebje in z ribami bogato morje. Takrat je Santorin tvoril skoraj zaprto podkev okoli ognjeniškega otoka v zalivu.
Po mnenju grškega filozofa Platona je mogočno kraljestvo Atlantida izginilo v morju. Mnogi menijo, da je bil Santorin to mitsko otoško kraljestvo.